După bătălia de la Sânpaul, în anul 1575, principele Transilvaniei, István Báthory i-a învins pe pretendenții tronului conduși de Gáspár Bekes, l-a executat şi pe Gáspár Bogáthy iar orașul a fost confiscat de trezoreria din Ardeal. În anul 1587 castelul este donat de Zsigmond Báthory lui Ferenc Kendi, iar după doi ani și el va fi executat. Noul proprietar, Boldizsár Kornis, este de asemenea executat în anul 1610, dar castelul a rămas în proprietatea familiei Kornis. După o confiscare repetată, principele Gábor Bethlen a inițiat câteva modificări la castel.

În 1649 castelul a fost cumpărat de principele Transilvaniei, György Rákóczi al II-lea, cel care între anii 1650 și 1660 modifică construcția la castel după planurile arhitectului venețian Agostino Serena. Acest moment este consemnat printr-o inscripție pe bolţarul median al portalului nordic: „AUGUSTINUS SERENA ARCHITECTUS VENETUS OPERA FECIT”. După bătălia pierdută de la Florești castelul intră în posesia principesei Anna Bornemissza. Castelul a fost moștenit de fiul său, Mihály Apafi al II-lea, care la rândul său l-a lăsat mai departe văduvei sale, Kata Bethlen. Cu conducerea principelui Mihály Apafi al II-lea au avut loc aici 15 Diete transilvane. În 1703 curuții principelul Ferenc Rákóczi al II-lea au cucerit castelul de la Habsburgi. În anul 1707 Ferenc Rákóczi al II-lea s-a cazat aici în drum spre Târgu-Mureș, unde a fost proclamat principe al Transilvaniei. În 1758, după moartea principesei, domeniul a intrat în posesia trezoreriei. Castelul a fost cumpărat de cancelarul Miklós Bethlen în anul 1764. În 1802, acoperișul de șindrile mistuit de foc, datorită unui glonț tras din greșeală de un ofițer, a fost înlocuit cu un acoperiş simplu. Clădirea porții a fost construită în a doua jumătate a secolului al XVIII-lea, „Casa cu șerpi“ este împodobită cu blazonul familiei Bethlen de Beclean: un şarpe încoronat ţinând în gură globul regal. Castelul a aparținut pe rând mai multor descendenți ai familiei Bethlen, până în 1885, când Márk Bethlen l-a pierdut într-o noapte la cărți. Câștigătorul, contele Jenő Haller a trecut domeniul în proprietatea Bisericii Romano-Catolice din Transilvania. Castelul a fost cumpărat și restaurat parțial în anul 1887 de statusul romano-catolic. Zidurile de apărare au fost treptat demolate, iar șanțul de apă a fost umplut. Asta s-a întâmplat după ce clădirea a trecut în posesia Bisericii Romano-Catolice din Alba Iulia. Castelul a fost naționalizat în 1948, iar în anii 1990 a funcţionat ca liceu agroindustrial și stațiune de cercetare. Clădirea porții, Casa cu șerpi, a fost restaurată la începutul anilor '60 și a devenit muzeu memorial.

Castelul se află astăzi într-o stare avansată de degradare, o parte a acoperișului și a zidurilor s-au prăbușit. Pe data de 18 martie 2012 a avut loc un incendiu la castel în urma căruia a ars parțial acoperișul clădirii.